No se, tal vez ha sido el chocolate (¿estas segura que era chocolate cobertura?), otra cosa ¿el chocolate lo habías disuelto completamente antes de mezclarlo con los demás ingredientes? y ¿al agregar la leche mezclaste suficiente hasta que quedo todo bien homogéneo?

Algunos consejos que pueden servir:

• Pon a calentar la leche y en otro cazo derrite el chocolate a baño mária y cuando este bien disuelto y la leche caliente, mezclas ambas cosas, verifica que el chocolate se integre completamente con la leche y reservar.
• En un bol pondrás los huevos con el azúcar y los bates hasta que queden espumosos con la varilla, agrega la leche con el chocolate (algo templada) e integra bien todos los ingredientes.
• Viertes en un molde acaramelado y llevas a horno a cocer a baño maría, en la parte de arriba se formara una crostita, pero el resto del flan tendrá la consistencia adecuada. Espero que con estos consejos logres mejorar el resultado. Es un flan muy fácil y queda exquisito. Suerte.

Guachitos, no me hbaía dado cuenta de tu receta de chocolate que he visto en las relacionadas cuando la he publicado. La mia es de un flan rápido de chocolate, aunque en los consejos, doy la receta de un flan de huevo (de chocolate)que es muy parecida a la tuya.